Mozaika nad wejściem do kościoła
Nad głównym wejściem do kościoła można zobaczyć mozaikę przedstawiającą Zwiastowanie Najświętszej Maryi Pannie, umieszczoną w oryginalnej barokowej ramie sztukatorskiej. Mozaika ta powstała w 1971 roku i zastąpiła starsze malowidło o tym samym motywie. Pierwotnie jednak fasadę kościoła zdobiła inna scena – objawienie św. Franciszek z Asyżu w Porcjunkuli. W 1781 roku bracia zdecydowali się zastąpić ten obraz sceną Zwiastowania, aby lepiej odpowiadała ona wezwaniu kościoła.
Organy w kościele kapucyńskim
Kościoły kapucyńskie były pierwotnie bardzo proste, dlatego przez długi czas brakowało w nich organów oraz chóru kościelnego. Podobnie było w Ołomuńcu – jeszcze w XVIII wieku podczas uroczystości bracia pożyczali przenośne organy z kościoła św. Błażeja.
Śmierć św. Franciszka
Lunetę nad boczną kaplicą zdobi malowidło ukazujące śmierć św. Franciszek z Asyżu. Święty leży tu skromnie na ziemi, otoczony modlącymi się braćmi – scena podkreśla jego ubóstwo i prostotę.
Śmierć św. Józefa
Lunetę nad boczną kaplicą zdobi malowidło przedstawiające śmierć św. Józefa. Leżącemu świętemu towarzyszy z jednej strony Chrystus, a z drugiej Matka Boża, wraz z aniołami.
Malowidło na łuku triumfalnym
Dużą powierzchnię nad głównym ołtarzem wypełnia malowidło ścienne z motywem ukrzyżowania Chrystusa. Pośrodku stoi krzyż z Jezusem, a pod nim Matka Boża i św. Jan Ewangelista.
Malowidło na chórze
W dolnej części chóru znajduje się dekoracyjne malowidło z symbolem franciszkańskim. Pośrodku widnieje znak ze skrzyżowanymi ramionami Chrystusa i św. Franciszek z Asyżu na tle krzyża.
Droga krzyżowa
W kościele znajduje się zbiór obrazów Drogi Krzyżowej z 1880 roku autorstwa malarza Adolfa Rübenolta. Obrazy przedstawiają ostatnie chwile z życia Jezusa Chrystusa.
Ołtarz św. Franciszka
Nad ołtarzem widzimy obraz św. Franciszka z Asyżu, który klęczy przed ołtarzem usłanym różami. Przed nim ukazuje się Chrystus z krzyżem.
Męczeństwo św. Sebastiana
Obraz przedstawia męczeństwo św. Sebastiana, który według tradycji został przeszyty strzałami. Nad sceną unoszą się aniołowie z gałązką palmową - atrybutem męczenników.
Ołtarz główny
Ołtarz główny jest najważniejszym miejscem kościoła.
W jego centrum znajduje się duży obraz Zwiastowania Najświętszej Maryi Pannie.