Mozaika nad vstupem do kostela
Nad hlavním vstupem do kostela můžete vidět mozaiku Zvěstování Panně Marii, zasazenou v původním barokním štukovém rámu. Tato mozaika vznikla v roce 1971 a nahradila starší malbu se stejným motivem. Původně však průčelí kostela zdobil jiný výjev – Zjevení sv. Františka z Assisi v Porciunkule. V roce 1781 se bratři rozhodli tento obraz nahradit scénou Zvěstování, aby lépe odpovídala zasvěcení kostela.
Varhany v kapucínském kostele
Kapucínské kostely byly původně velmi prosté, a proto v nich dlouho chyběly varhany i hudební kruchta. Nejinak tomu bylo i v Olomouci – při slavnostech si bratři ještě v 18. století půjčovali přenosné varhany z kostela sv. Blažeje.
Smrt sv. Františka
Lunetu nad boční kaplí zdobí malba zachycující smrt sv. Františka z Assisi. Světec zde leží prostě na zemi, obklopen modlícími se bratry – scéna zdůrazňuje jeho chudobu a jednoduchost.
Smrt sv. Josefa
Lunetu nad boční kaplí zdobí malba zobrazující smrt sv. Josefa. Ležícího světce doprovází z jedné strany Kristus a z druhé Panna Maria, spolu s anděly.
Malba na triumfálním oblouku
Velkou plochu nad hlavním oltářem vyplňuje nástěnná malba s motivem ukřižování Krista. Uprostřed stojí kříž s Ježíšem, pod ním Panna Maria a sv. Jan Evangelista.
Malba na kruchtě
Na spodní části kruchty najdete dekorativní malbu s františkánským symbolem. Uprostřed je znak se zkříženými pažemi Krista a sv. František z Assisi na pozadí kříže.
Křížová cesta
V kostele se nachází soubor obrazů křížové cesty z roku 1880 od malíře Adolf Rübenolt. Obrazy zachycují poslední chvíle života Ježíše Krista.
Oltářní obraz sv. Františka
Na oltáři vidíte obraz sv. Františka z Assisi, který klečí před oltářem posetým růžemi. Před ním se zjevuje Kristus s křížem.